Wybuch II wojny światowej stał się koniecznością ewakuacji samej Centrali zus na wschód Polski. Już dwa dni po wybuchu wojny, czyli 3 września 1939 r. wyruszył pierwszy transport z papierami wartościowymi oraz transport z gotówką, niestety dwa tygodnie później został zajęty przez Rosjan. Później wyjechały jeszcze dwa transporty, niestety jeden z nich został spalony, a drugi transport dotarł bezpiecznie do Budapesztu, później zdeponowano go w Węgierskim Banku Narodowym. Nie było, więc mowy o wpłacaniu czy rozliczaniu zus składki. Większość dokumentów, a co za tym idzie również zus druki zaginęły lub zostały zniszczone. Natychmiast po tym, jak Niemcy zajęły nasz kraj władze okupacyjne powołały w instytucjach ubezpieczeniowych swoich komisarzy. Nadzór nad zus przejął Główny Wydział Pracy. ZUS nadal zajmował się wykonywaniem ubezpieczeń długoterminowych, natomiast nie zajmował się już sprawami w zakresie wymiaru składek na wypadek bezrobocia dla pracowników umysłowych. Co dziwne, Niemcy zdecydowali się na pozostawienie na stanowisku dyrektora naczelnego Polaka – Zbigniewa Skokowskiego. Umożliwiło to przyszłości rozwijanie w ZUSie działalności konspiracyjnej. Dzięki temu, ż pracownicy byli zaangażowani, a także dzięki ich pomysłowości, przez cały okres okupacji ZUS dawał fikcyjne zatrudnienie działaczom ruchu oporu, oraz zajmował się dostarczaniem pomocy materialnej osobom potrzebującym. Straty, jakie poniósł zus w wyniku wojny były olbrzymie. Wielu pracowników Zakładu zginęło, nieruchomości zostały zniszczone, oraz zrujnowano finanse ubezpieczeń społecznych.